그렇지만 이때에도 포로들은 북한 인민군 군가를 부르거나 공산주의를 찬양하는 선동적인 연설을 하고 미국인을 격렬히 증오하는 구호를 외쳐대는 등의 저항 행동을 했다. 그와 함께 1951년 3월에 만도 여섯 번의 단식투쟁 및 연좌시위와 네 번의 자해사건이 발생했다.제네바협약은 포로의 인권을 보호하는 정신으로 일관되어 있을 뿐, 포로들이 조직을 만들어 적극적으로 시위를 전개하거나 폭력을 휘두르는 일까지 고려하지는 못했다. 이때문에 포로들의 저항 활동이 격렬해져도 그것을 저지·규제할 수 있는 규정이 없었다. 이렇게 볼 때 거제도는 이미 공산주의자들의 활동의 표적이 될 소지를 내포하고 있었던 것이다

포로가 소요나 폭동을 일으키게 되면 제일 먼저 곤욕을 치르는 것은 한국군 경비병들이었다. 이들은 소수의 인원으로써 엄청나게 많은 포로들을 경비해야 하는 부담을 안고 있었다. 뿐만 아니라, 미군의 지휘를 받고 있어서 사실상 포로 관리에 대한 실권이 없다 는 것도 행동의 제약 요건이 되었다.경비 근무중에 한국군 경비병과 포로가 충돌해도 미군측에서는 가능하면 개입하지 않으려는 태도를 취했다. 어떻게 하면 좋을지 몰랐던지, 아니면 휴전회담이 곧 시작되고 멀지 않아 전쟁이 끝날 것이므로 가만이 두면 문제 가 수그러들 것이라 생각했을 수도 있다. 또한 제2차 세계대전 때 포로수용소장들이 심각한 수난을 겪었던 전례가 있었기 때문에 6·25전쟁에서 포로수용소장직을 맡은 사람들의 심리가 위축되어 있었던 때문인지도 모른다.

특별 공작대원들의 또다른 임무는 각 포로들의 과거와 현재를 조사하는 일이었다. 즉, 포로들이 포로가 된 동기를 조사하고 수용소에 들어온 후 변절한 자, 자발적 이탈자, 밀고의 혐의가 있는 자 등을 가려내는 일이었다.

모든 통신 정보와 지령은 일단 장교병동에 집중되었다가 분배되었다. 외부로 보낼 통신을 가진 포로들은 환자로 가장하여 입원하였으며, 퇴원하는 환자들이 그것을 받아 각 수용소에 전달하였다.

또한 공산군 총사령부는 거제도 포로와 판문점 대표들 간의 공동 노력을 조정하기 위한 통신 방법으로서 [첩보부]와 [유격지도부]를 이용하였다. 유격지도부는 통신을 전달할 급사를 파견하였고, 첩보부는 10∼12명의 장교와 하사관으로 편성된 공작대를 내보냈다. 이 공작대는 소련제 휴대용 무전 수신기를 갖고 구역 간 통신 연락을 담당하였다. 이 두 기관은 포로들의 통신을 그들의 총사령부에 전달하는 일도 수행하였다.그러면 거제도 포로수용소에서 북한으로 연락하는 통신은 어떠한 경로를 밟았던가? 이는 남한의 공산 간첩망을 조종하고 있는 첩보부의 비밀정보대에서 관장하였다. 이 공작대원들은 피란민으로 가장하여 수용소 부근의 민간 부락이나 피란민 부락에 잠입했다

그들은 포로작업대가 수용소 밖으로 나오면서 약속된 장소에 투하해 놓은 통신문을 북으로 보내고, 또 같은 방법으로 북의 지령문을 포로들에게 전달하는 통신 수단을 주로 썼다.

특별공작대의 암약이 시작되자 공산측에서는 거제도 포로 전체를 지휘할 우두머리가 필요하게 되었다. 이런 목적으로 밀파된 자가 북조선노동당의 부위원장 감투를 쓰고 있던 박상현이라는 자였다. 그는 전선에서 계획적으로 포로가 되어 1951년 11월경에 거제도 포로수용소에 들어오게 되었다.무명 전사로서 위장하여 제77포로수용소에 수용된 박상현은 해방동맹의 조직을 인수하여 각 수용소의 세포 조직을 재점검, 정비 확대하고 일사불란한 지휘 계통을 확립했다. 따라서 그동안 포로 대표였던 이학구는 명목상의 대표가 되고 모든 실권은 박상현에게로 넘어갔다. 이리하여 특별공작대와 해방동맹은 북한군 총사령부에서 내리는 지령에 의해 언제든지 행동할 수 있도록 조직의 정비를 완료했던 것이다. 이후 박상현은 수용소장 돗드 준장 납치사건 등 온갖 폭동사건을 현장에서 조종하였다. 그러나 그후 그는 이학구 등과 더불어 폭동의 주모자로서 수용소 당국에 체포되었다. 분리 수용된 그는 밀파되어 온 최후 목표가 달성되기 전에 수용소 내의 조직이 와해되자 심경의 변화를 일으켰다. 그리고 자신이 북에서 받은 지령, 포로 조직, 투쟁 계획과 운영 방법, 남일의 지령 등 일체의 내용을 스스로 폭로했다. 그는 그후 또다시 변절하여 포로 송환 때 북한으로 가서 이학구와 더불어 환대를 받고 건설사단장 자리에 앉게 되었지만, 얼마 후 여러 가지 죄명을 뒤집어 쓴 끝에 숙청 당한 것으로 알려졌다.

심사를 실시하지 못한 구역 중에는 제62구역이 있었다. 여기서는 공산주의자들이 완전히 통제를 하고 '전원이 북한으로의 귀환을 희망하고 있으므로 심사는 시간 낭비'라고 선언하면서 유엔군측 심사관을 들어오지 못하게 하고 있었다. 그렇지만 유엔군측은 심사를 강행하기로 결정하고 이를 위해서 실력 행사를 계획하였다. 이 구역에는 대부분 서울 출신의 의용군들이 있었으며 그중 절반이 대학 재학생으로서 사상적으로는 완전한 적색분자의 친공 수용소였다. 포로수용소 당국도 이런 형편을 알고 있었으므로 심사반은 신중한 계획을 세워 무장 병력의 특별 엄호하에 집단의 힘을 분산시키기 위해 구역을 4분하여 격리시키고 각 소구역별로 심사를 실시키로 하였다.

그래서 1952년 2월 18일, 새벽 2시부터 수용소 내의 통행이 금지되고 날이 밝을 무렵에는 심사반과 함께 착검한 미 제25사단 제27연대 제3대대 병력이 수용소 내에 투입되었다. 그런데 막상 심사를 하려고 수용소에 들어가자 포로들은 미리 준비해두고 있던 몽둥이, 도끼, 삽, 곡괭이 자루, 칼, 죽창, 천막지주 등을 휘두르며 저항하였다. 그리고 1,000∼1,500명의 포로들이 일렬로 서 있는 경비병에게 다가왔다. 이렇게 되자 양측은 격돌하게 되었고, 수용소 안은 일대 격전장으로 변하고 말았다. 미군들은 처음에는 공포탄을 발사하였으나 포로들이 달려들자 마침내는 발포까지 하게 되었다. 결국 폭동은 진압되었으나 이 사고로 55명의 포로가 즉사하고 162명이 부상당했으며 부상자 중에서 22명은 병원에서 죽었다. 미군의 사상은 사망자 1명, 부상자 38명이었다.이 사건으로 수용소장인 피츠랄드 대령은 부사령관으로 격하되고 2월 20일 새로운 사령관으로 돗드(Francis T. Dodd) 준장이 부임하였다. 또 이 사건에 대해 미 공간사에는 "공산주의자들이 치른 대가는 컸다. 그러나 그들에게 있어서 인명은 문제가 되지 않았으며 오직 목적 달성만이 문제였다. 결국 그들은 목적을 달성한 것이다. 미군은 철수했고 이 구역은 다시 심사하지 않았다."고 기술되어 있다.이 사건은 공산측의 선전 자료가 되어 1952년 3월 초순 판문점에서는 항의 소동이 일어났다. 유엔군측은, 민간인 억류자 심사는 한국의 내정 문제이며 휴전회담의 범위 밖이라고 하여 곤경을 모면했다. 그러나, 유엔군사령관이 수용소장을 경질하고, 제8군 사령관 밴플리트 장군에게 '자체 계획에 의하여 포로를 철저히 통제하라'고 지시했던 사실을 보면, 이 사건으로 인한 충격이 대단히 컸다는 것을 알 수 있다. 이것은 수용소 내의 지휘 계통을 확립하고 이런 사건의 재발을 방지하기 위한 조치였으나, 포로들의 소동은 전혀 가라앉을 기미를 보이지 않았다.

내부적으로는 이처럼 복잡하고 혼란스러웠으나 외부에는 잘 알려지지 않았던 거제도 포로수용소의 실정이 전세계 사람들의 관심을 끌게 된 것은 포로수용소장 돗드 준장의 납치사건 때문이었다.